La accion empieza tras el entrenamiento de Naruto Uzumaki a manos Jiraiya. La Organizacion Akatsuki entra definitivamente en accion, tras su breve aparicion en la parte anterior, y se revelan sus objetivos. Orochimaru, ha estado mientras tanto entrenando a Sasuke Uchiha, antiguo amigo de Naruto, que abandono voluntariamente la aldea para ganar fuerza gracias a este personaje, y asi poder tomar venganza contra su hermano, Itachi Uchiha.

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